2012年9月，国务院批准以科技部名义加入SKA建设准备阶段，并授权由科技部牵头，联合国内相关部门组建部际协调小组。部际协调小组成员单位包括外交部、财政部、教育部、中科院、中国电子科技集团公司、自然科学基金会等国内相关部门。

2015年10月，国务院授权科技部代表中方参加SKA政府间谈判并委派谈判代表，科技部牵头会动部际协调小组相关部门和单位组建谈判小组。

科技部在部际协调小组办公室基础上设立SKA专项管理执行机构——SKA中国办公室，组织协调落实我国参与SKA各项工作，支撑国际谈判和对外履约执行，承担我国SKA相关研究计划项目和工程建设的专业化管理职能。SKA中国办公室设在国家遥感中心。